Как запретить ntpd слушать внешние соединения вообще?

Это довольно просто, открываем конфиг:

vim /etc/ntp.conf

Вносим там:

interface ignore wildcard
interface listen 127.0.0.1

Перезапускаем:

/etc/init.d/ntp restart 

Убеждаемся, что все ок:

sudo netstat -lnpu
Active Internet connections (only servers)
Proto Recv-Q Send-Q Local Address           Foreign Address         State       PID/Program name
udp        0      0 127.0.0.1:123           0.0.0.0:*                           16625/ntpd    
udp6       0      0 ::1:123                 :::*                                16625/ntpd    

Источник: http://serverfault.com/questions/475635/how-to-prevent-ntpd-to-listen-on-0-0-0-0123/475639#475639