fdisk: Partition 1 does not end on cylinder boundary.

Судя по тому, что сам инсталлятор Debian разбивает разделы так, что вызывается данная ошибка, полагаю, ее можно игнорировать:

fdisk -l

Disk /dev/sda: 120.0 GB, 120034123776 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 14593 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x0003146f

Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 1 487 3905536 82 Linux swap / Solaris
Partition 1 does not end on cylinder boundary.
/dev/sda2 487 14594 113312769 5 Extended
/dev/sda5 487 14594 113312768 83 Linux

А можно и не игнорировать, нужно дать партеду флаг parted -a cylinder и после этого он сам выровнеет так, что fdisk будет доволен.

Также обращаю внимание, что первый раздел начинается не с нуля, с 1 го мегабайта!