Protege на Mac OS X: A DOT error has occured

Фиксим, скачиваем и устанавливаем GraphViz: http://phpsuxx.blogspot.com/2011/05/graphviz-mac-os.html

После этого нужно указать корректный путь к утилите отрисовки графов - dot, идем в меню Protege - Preferences - OWL Viz и в PATH вписываем "/usr/local/bin/dot".