Проверка всех баз данных MySQL / MyISAM на сервере

При наличии панели ISPManager:

mysqlcheck --check --all-databases -u root -p`cat /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf | grep Password | awk '{print $2}' | head -n1`

В общем случае:

mysqlcheck --check --all-databases -u root -p

Для фикса надо добавить флаг:  --repair