Совместная установка Zend и IonCube

Вполне возможна!

Конфиг-файл при этом должен иметь примерно вот такой вид:

[Zend]
zend_extension = /opt/ioncube/ioncube_loader_lin_5.2.so
zend_extension = /opt/zend/ZendOptimizer.so