CRON в Debian не поддерживает имена файлов с расширениями!

Это для меня было поистине открытием, но тесты показали, что так и есть.

Имеем папку cron.hourly:

ls /etc/cron.hourly/
clean_logs.sh hosting_check_configs.pl restart_failover_apache

Но если попробовать запустить CRON задачи вручную мы получим:

run-parts -v /etc/cron.hourly/
run-parts: executing /etc/cron.hourly/restart_failover_apache
Syntax OK
Restarting web server: apache2 ... waiting .

То есть CRON вообще не увидел остальные скрипты, у которых есть расширение. Вот такие вот дела :)