Принимает ли PHP на Debian php.ini в текущей папке?

Принимает! А вот у Центоса в этом баг.

А вот тест:

cd /root
rm php.ini
echo "<?PHP phpinfo(); ?>" > test.php
php-cgi test.php > standard.log

echo "register_globals=on" > php.ini
php-cgi test.php > hacked.log

diff -u hacked.log standard.log

И в итоге должно остаться только 4 разницы - различные пути к пхп ини, статус регистер глобалс, селф (хз, что это) и время исполнения запрос.